Képzeljünk el egy országot (legyen a neve Amestris), amelyet a hadsereg irányít vaskézzel. Az országot egy nagyjából késő 19., kora 20. századi technológiai fejlettség, és hangulat jellemez (akár egy akkori európai ország is lehetne). Nagyjából, mert a lovaskocsik, a gőzmozdonyok, a távírók, és a régimódi automobilok mellett az idegi kapcsolattal ellátott művégtagok (automail a helyi nevük) is teljesen hétköznapi árucikknek számítanak. Ahogyan a háborúk, vagy a határmenti polgárháborúk is.

Még egy teljesen hétköznapi dolog van a világban, mégpedig az alkímia tudománya. Tudománya, mert az alkímia művelői magukat tudósnak, és nem varázslónak tartják. Az alkímia nagyjából ugyanolyan, mint itt nálunk, azt leszámítva, hogy az alkimisták nem a laboratóriumaikban, a lombikjaik, és görebjeik fölött görnyedve próbálják az aranycsinálás titkát megfejteni, hanem különféle transzmutációs körökkel változtatják meg az anyagot. Két fontos törvényük van. Az első az ekvivalencia elve (magyarul a sztöchiometriai szabályok, akinek ez mond valamit), azaz valamit fel kell áldozniuk, hogy valamit teremtsenek. A semmiből semmit sem tudnak létrehozni. Csak valami meglévőt tudnak átalakítani, transzmutálni. A második pedig, hogy az ember-transzmutáció tabu. Tilos megkísérelniük embert alkotni, vagy bármilyen alkimista kísérlet alanyául felhasználni.

Történetünk két főhőse, Alphonse és Edward Elric, ez utóbbit szegte meg, amikor megpróbálták feltámasztani – sikertelenül - halott édesanyjukat, rég eltűnt apjuk ember-transzmutációs kutatásai alapján. A kísérlet viszont balul sült el. Elindultak hát, hogy megtalálják a legendás Bölcsek kövét, ami segíthet nekik, hogy hibájukat kijavítsák.